Redan vid misstanke om fågelinfluensa lägger Jordbruksverket ett förbud/en spärr mot att flytta levande djur, ägg, gödsel eller annat som kan sprida smittan från gården. En veterinär tar ut prov och transporterar några fåglar till SVA. Där genomförs obduktion samt analyser. SVA har dygnet runt jour. Jordbruksverket påbörjar omedelbart en smittskyddsutredning där man bland annat försöker spåra smittan. Om smittan kan ha spridits till en annan besättning spärras även denna av.

Om fågelinfluensa konstateras i en fjäderfäbesättning avlivas och destrueras samtliga djur omedelbart. Därefter rengörs och desinfekteras stallarna och andra utrymmen där djuren varit. Runt smittade anläggningar inrättas skydds- och övervakningsområden på tre respektive tio kilometers radie.